Bereik je als trainer level 5 dan kan je je gaan aansluiten bij een team. er zijn 3 teams waaruit je kan kiezen: rood (Valor), blauw (Mystique) en geel (Instinct). als je level vijf bereikt klik je op een Gym in je buurt, daarna kan je een team gaan kiezen. Gyms lijken op PokéStops, ze bevinden zich op opmerkelijke plaatsen in de echte wereld.

ga je naar een Gym en klik je er op dan kan je die Gym gaan uitdagen en er een gevecht mee aangaan om hem te veroveren. Je vecht dan met je drie sterkste Pokemon tegen de Pokemon die de Gym verdedigen. Klik je op een lege Gym dan kan je deze gaan claimen en er een van je pokemon plaatsen om die vanaf nu te verdedigen tegen andere trainers van andere teams.

Maar kom je dus bij een Gym van een ander team dan kan je er tegen gaan vechten om die te veroveren. Kom je bij een Gym van een teamgenoot dan kan je daar een Pokemon achter laten om te helpen bij de verdediging. Maar om dus een geclaimde Gym over te nemen ga je het gevecht aan. vaak heb je hiervoor meerdere gevechten nodig want je moet er voor zorgen dat het prestige van de Gym op nul komt te staan.

Interessant bij het hebben van Gyms in je bezit is dat je gratis spullen krijgt. Elke 21 uur kan je klikken op het schildje rechtsboven in de shop: per Gym krijg je dan 10 Pokécoins en 500 Stardust.